📄 systems biology

Multi-omic responses to acute exercise in abdominal subcutaneous adipose tissue of sedentary adults: findings from MoTrPAC

تستخدم هذه الدراسة التنميط متعدد الأوميات لرسم الاستجابات الجزيئية المتميزة والمحددة زمنياً للأنسجة الدهنية تحت الجلد في منطقة البطن تجاه تمارين التحمل والمقاومة الحادة لدى البالغين الخاملين، مما يكشف عن آليات محددة تشمل تكوين الأوعية الدموية، والتمثيل الغذائي، وإطلاق الإكسيركين التي تدعم الفوائد الصحية الأيضية الناجمة عن ممارسة الرياضة.

Ahn, C., Jin, C. A., Whytock, K. L., Many, G. M., Sagendorf, T. J., Sanford, J. A., Hou, Z., Viggars, M. R., Nie, J., Es (…)2026-03-09
📄 systems biology

Structured Schemas for LLM-Modeler Collaboration in Quantitative Systems Pharmacology Model Calibration

تقدم الورقة البحثية إطار عمل MAPLE، الذي يستخدم مخططات تحقق مهيكلة لتسهيل التعاون بين النماذج اللغوية الكبيرة والنمذجة البشرية، مما يضمن استخراج بيانات المعايرة لنماذج الصيدلة النظامية الكمية بشكل دقيق، وغني بالمصدر، وقابل للتكرار، مع التخفيف من أخطاء النماذج اللغوية الكبيرة الشائعة مثل الهلوسة.

Eliason, J., Popel, A. S.2026-03-09
📄 systems biology

Network pharmacology-based discovery and experimental validation of novel drug repurposing candidates in Alzheimer's Disease

تستخدم هذه الدراسة إطار عمل الصيدلة الشبكية مقترناً بالتحقق التجريبي لتحديد وتأكيد الإمكانات العلاجية لإعادة استخدام عقاري TUDCA وarundine لعلاج مرض الزهايمر من خلال إنقاذ الأنماط الظاهرية ذات الصلة بالمرض عبر تنظيم إشارات البروتين G.

Jones, A., Loeffler, T., Wu, E., Varma, V. R., Im, H. K., Thambisetty, M.2026-03-09
📄 systems biology

Toroidal Search Algorithm: A Topology-Inspired Metaheuristic with Applications to ODE Parameterization in Mathematical Oncology

تقدم الورقة البحثية خوارزمية البحث الحلقي (TSA)، وهي خوارزمية استدلالية مبتكرة مستوحاة من الطوبولوجيا تقضي على الركود عند الحدود عبر الهندسة الحلقية وأعداد الالتفاف، مُظهرةً أداءً فائقاً في التحسين عالي الأبعاد وحل مشكلات التوصيف العكسي للمعلمات في علم الأورام الرياضي بنجاح.

Oh, C., Wilkie, K. P.2026-03-07
📄 systems biology

TwinCell: Large Causal Cell Model for Reliable and Interpretable Therapeutic Target Prioritisation

يُعد ™TwinCell نموذجاً خلوياً سببياً ضخماً يستفيد من بيانات الاضطراب في المختبر والشبكة التفاعلية متعددة الأوميكس لتحديد وتفسير الأهداف العلاجية المسببة لعمليات الانتقال من الحالة المرضية إلى الحالة السليمة، متفوقاً بذلك على الطرق الحالية في كل من سيناريوهات التنبؤ الصفري والتحقق السريري.

Morlot, J.-B., Dias, T., Legare, S., Romualdi, A., Hatem, E., Abraham, Y.2026-03-06
📄 systems biology

Integrative Multi-omics Analysis of the Human Skeletal Muscle Response to Endurance or Resistance Exercise: Findings from the Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC)

تكشف هذه الدراسة الصادرة عن كونسورتيوم (MoTrPAC) أن تمارين التحمل والمقاومة الحادة تحفز استجابات "متعددة الأوميات" متميزة ومرتبة زمنياً في العضلات الهيكلية البشرية، والتي تتميز بتغيرات مبكرة في التخلق المتوالي (الإبيجينتيك) وفي الإشارات تسبق التحولات النسخية والبروتينية لتنظيم عمليات مثل الالتهام الذاتي، وتكون الأوعية الدموية، ودوران البروتين.

Keshishian, H., Many, G. M., Smith, G., Clark, N. M., Iyer, G., Hart, P., Lindholm, M. E., Montalvo, S., Zhang, Z., Jin (…)2026-03-06
📄 systems biology

A systemic circadian nicotinic acid riboside (NaR) signal engages the unfolded protein response and adipogenesis via the prefoldin complex

تحدد هذه الدراسة النيكوتيناتيك أسيد ريبوسيد (NaR) كأيض دوري منتشر يتم التحكم فيه بواسطة ساعة الكبد، والذي يشغل معقد "البريفولدين" لتعديل إشارات استجابة البروتين غير المطوي وتكوين الخلايا الدهنية بطريقة تعتمد على الوقت، وبذلك يربط بين الإيقاعيات اليوماوية الجهازية والنتائج الفسيولوجية الخاصة بالأنسجة.

Vlassakev, I., Savva, C., Zhou, L., Ritz, D., Schmidt, A., Jang, C., Saei, A. A., Petrus, P. P.2026-03-06
📄 systems biology

Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC): Initial Insights into the Dynamic Human Responses to Exercise

نجح مشروع "تحالف المحولات الجزيئية للنشاط البدني" (MoTrPAC) في إرساء إطار عمل لاستقصاء التكيفات الفسيولوجية والجزيئية الحادة والمزمنة المتميزة لتمارين التحمل والمقاومة لدى البالغين الأصحاء الخاملين، مما أظهر نجاحاً كبيراً في جمع العينات وتحسناً ملحوظاً في معايير اللياقة البدنية عقب التدريب الخاضع للإشراف.

MoTrPAC Study Group,, Brandt, A. R., Fleg, J., Goodpaster, B. H., Jaeger, B., Jin, C. A., Johannsen, N. M., Katz, D., Ke (…)2026-03-05
📄 systems biology

Likelihood-Free Parameter Inference for Spatiotemporal Stochastic Biological Models using Neural Posterior Estimation

تقدم هذه الورقة إطار عمل لتقدير اللاحقة العصبية للاستدلال البارامتري الخالي من الاحتمالية في النماذج البيولوجية العشوائية ذات الأبعاد الزمانية والمكانية، مما يبرهن على قدرته على استعادة المعلمات القابلة للتفسير بيولوجياً لهجرة الخلايا بدقة، سواء من الإحصاءات الملخصة أو من البيانات المكانية الخام، دون الاعتماد على تقريبات بديلة أو نماذج ضوضاء صريحة.

Kimpson, T., Flegg, J., Simpson, M. J.2026-03-04
📄 systems biology

Ageing impacts extracellular matrix turnover and remodelling in the kidney

تُظهر هذه الدراسة أن تليف الكلى المرتبط بالتقدم في السن مدفوع بشكل أساسي بضعف تحلل المادة الخلالية خارج الخلوية، والذي يتميز بإطالة كبيرة في فترات نصف عمر البروتين، وتغير في إمكانية وصول الإنزيمات المحللة للبروتين، واضطراب في التفاعلات مع المادة الخلالية، مما يعيق مجتمعاً تجديد الغشاء القاعدي وإعادة تشكيل الأنسجة.

Preston, R., Hoyle, A., Stevenson Harris, A., Williams, E., Birtles, T., Chang, J., Swift, J., Eckersley, A., Lennon, R.2026-03-04